По сюжету, действие которого происходит в Batman: Arkham Knight начинается с момента, когда закончилась последняя часть приключений Темного Рыцаря и родной город Готэм был спасен. Спустя ровно год после трагической гибели Джокера, которая произошла в результате успешной операции по устранению с помощью Бэтмена, в городе появился новый злодей. На первый взгляд казалось, что самый опасный и хитрый противник, с психическими отклонениями полностью уничтожен и Бэтмен может отдохнуть от работы, чтобы восстановить силы для предстоящего сражения. Но расслабляться пока еще рано. Для того чтобы увеличить страх своих жертв, Пугало разработал в секретной лаборатории новый вид токсического вещества, которое значительно усиливает их страхи. В последствии, залив его в специальные емкости, он расставил их по всему городу. Чтобы усилить свои боевые возможности, ему пришлось заключить альянсы со многими суперзлодеями: Пингвином с двумя головами и Харли Квином с тремя. На одного Бэтмена будет направлена вся их мощь.