Она является логическим продолжением основной сюжетной линии Star Wars: Rebel Assault II, и вам придется снова играть за одного из персонажей, которого называют Rookie One. Повествование вашего персонажа будет построено по типу «межгалактического частного детектива», который займется расследованием исчезновения торгового судна, и его след приведет на одну из тайных имперских баз. Случай заключается в том, что на секретном полигоне был разработан новый имперский штурмовик, который имеет режим невидимости, что позволяет ему успешно применять его в бою. Вы должны будете победить всех врагов и разрушить планы Империи по захвату Галактики.