Сюжетная линия игры. Что могло произойти в королевстве? Необычная болезнь, поразившая почти всех жителей территории, стала причиной этого явления. В королевской семье болезнь распространилась и на ее жителей. Наследник престола и его семья были убиты, теперь в государстве идет война за право на управление. И те, кому удалось выжить, стали организаторами этих войн. Поблизости к общей разрухе присоединились другие страны, которые разделили королевство на части. В государстве господствовали жестокие и беспощадные убийцы, которые использовали насилие и кровопролитные сражения. На игровом поле вас ожидают сражения, в которых главный герой должен будет собрать свою армию, которая станет его преемником на посту правителя, который поведет свой народ к процветанию. На игровом поле Mount and Blade Prophesy of Pendor присутствует большое количество фракций.